Tháng 2 năm 1956, sau khi tiếp nhận căn cứ GCMA (Groupement de Commandos Mixtes Aéroportés, Lực lượng Biệt kích Không vận Hỗn hợp)' của Pháp tại Nha Trang, với sự trợ giúp của Phái bộ Cố vấn Quân sự (Military Assistance Advisory Group-MAAG) Mỹ tại Việt Nam, Tổng thống Ngô Đình Diệm đã cho thành lập Trung tâm Huấn luyện Biệt động đội, nhằm xây dựng cơ sở huấn luyện biệt kích cho Việt Nam Cộng hòa. Về tổ chức, Trung tâm này được đặt dưới quyền quản lý của Nha Tổng Nghiên Huấn, Bộ Tổng Tham mưu Quân đội Việt Nam Cộng hòa.

Cuối năm 1956, theo khuyến cáo của Cơ quan Tình báo Hoa Kỳ, Tổng thống Ngô Đình Diệm đã giải thể Nha Tổng Nghiên Huấn[1]. Các bộ phận Tình báo Chiến lược và Phản gián được chuyển về cho Sở Nghiên cứu Chính trị Xã hội. Bộ phận Biệt kích được chuyển về cho một tổ chức mới là Sở Liên lạc, trực thuộc Phủ Tổng thống, ngân sách do Mỹ đài thọ. Đại tá Rogers là người đầu tiên được cử đến làm cố vấn cho Sở này, sau đó Đại tá Floyld Parker đến thay thế. Giám đốc và Phó giám đốc Nha Tổng Nghiên Huấn là Trung tá Lê Quang Tung và Đại úy Trần Khắc Kính được bổ nhiệm làm Giám đốc và Phó giám đốc Sở Liên lạc[1]. Tháng 4 năm 1960, Sở Liên lạc được đổi tên thành Sở Khai thác Địa hình. Tuy nhiên, chức năng, tổ chức và nhân sự của Cơ quan này vẫn không có gì thay đổi.